|
مقاله علمی – پژوهشی: شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پایه داده‌های RNA-Seq
|
غزال محمدی اهوازی1   ، محمدتقی بیگی نصیری1 ، محمود نظری 1، آیه سادات صدر2 |
1- دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان
2- پژوهشکده آبزی پروری جنوب کشور (اهواز) |
|
|
چکیده: (74 مشاهده) |
| این پژوهش به منظور شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) مربوط به گونه ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) با استفاده از داده‌های RNA-Seq انجام شد. پس از جداسازی بافت کبد، استخراج RNA از نمونهها انجام گرفت. نمونهها با استفاده از پلتفرم ایلومینا Novaseq 6000 توالی‌‌یابی شدند. برای بازسازی رونوشت‌‌ها، از نرم‌‌افزار Trinity (نسخه 2.15.1) استفاده شد. شناسایی SSRs با استفاده از از پایگاه MISA انجام شد. پرایمرهای مورد نیاز در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای 5 نشانگر SSR با نرم افزار PRIMER 3 طراحی و بر 45 ماهی گطان مورد ارزیابی قرار گرفت. سرهم‌‌بندی رونوشت‌‌ها با برنامه Trinity، 941،894 یونی ژن و 1،768،662 ترانسکریپت ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی 1،276،825 توالی به‌وسیله نرم‌‌افزار MISA، منجر به شناسایی تعداد 349،871 نشانگر SSR شد. در میان SSRs ، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی به‌ترتیب با 37/89 درصد و 05/8 درصد، بیشترین تعداد تکرار را به‌خود اختصاص دادند. 5 پرایمر مورد استفاده، 2 جایگاه چندشکلی را نشان دادند. هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده برای جایگاه MN1359 به‌ترتیب 785/0 و 147/0 و برای جایگاه GM1371 به‌ترتیب 770/0 و 093/0 محاسبه شد. به‌علاوه، آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت برای هر دو جایگاه در تعادل هاردی-وینبرگ قرار ندارد. نتایج ارزیابی معیار‌‌های مختلف تنوع ژنتیکی همگی گویای کاهش تنوع در بین جمعیت مورد مطالعه بود. به طور کلی، نتایج این تحقیق نشان داد که SSRs جدید می‌توانند برای اصلاح نژاد، مطالعات ژنومیک عملکردی و بررسی تنوع ژنتیکی ماهی گطان مفید باشند. |
|
| واژه‌های کلیدی: گطان، RNA-Seq، ترانسکریپتوم، توالی‌های ساده تکراری |
|
|
متن کامل [PDF 763 kb]
(11 دریافت)
|
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
ژنتيك و اصلاح نژاد
دریافت: 1402/7/23 | پذیرش: 1403/2/10
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال پیام به نویسنده مسئول |
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
.png)
