1- دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان 2- پژوهشکده آبزی پروری جنوب کشور (اهواز)
چکیده: (71 مشاهده)
این پژوهش به منظور شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) مربوط به گونه ماهی گطان(Luciobarbus xanthopterus) با استفاده از دادههای RNA-Seq انجام شد. پس از جداسازی بافت کبد، استخراج RNA از نمونهها انجام گرفت. نمونهها با استفاده از پلتفرم ایلومینا Novaseq 6000توالییابی شدند. برای بازسازی رونوشتها، از نرمافزار Trinity (نسخه 2.15.1) استفاده شد. شناسایی SSRs با استفاده از از پایگاه MISA انجام شد. پرایمرهای مورد نیاز در واکنش زنجیرهای پلیمراز برای 5 نشانگر SSR با نرم افزار PRIMER 3 طراحی و بر 45 ماهی گطان مورد ارزیابی قرار گرفت. سرهمبندی رونوشتها با برنامه Trinity، 941،894 یونی ژن و 1،768،662 ترانسکریپت ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی 1،276،825 توالی بهوسیله نرمافزار MISA، منجر به شناسایی تعداد 349،871 نشانگر SSR شد. در میان SSRs ، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی بهترتیب با 37/89 درصدو 05/8 درصد، بیشترین تعداد تکرار را بهخود اختصاص دادند. 5 پرایمر مورد استفاده، 2 جایگاه چندشکلی را نشان دادند. هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده برای جایگاه MN1359 بهترتیب 785/0 و 147/0 و برای جایگاه GM1371 بهترتیب 770/0 و 093/0 محاسبه شد. بهعلاوه، آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت برای هر دو جایگاه در تعادل هاردی-وینبرگ قرار ندارد. نتایج ارزیابی معیارهای مختلف تنوع ژنتیکی همگی گویای کاهش تنوع در بین جمعیت مورد مطالعه بود. به طور کلی، نتایج این تحقیق نشان داد که SSRs جدید میتوانند برای اصلاح نژاد، مطالعات ژنومیک عملکردی و بررسی تنوع ژنتیکی ماهی گطان مفید باشند.
با کسب مجوز از دفتر کمیسیون بررسی نشریات علمی وزارت علوم، تحقیات و فنآوری مجله علمی شیلات بصورت آنلاین می باشد و تعداد محدودی هم به چاپ می رساند. شماره شاپای جدید آن ISSN:2322-5998 است